Powiększenie rejestru było jednym z głównych postulatów w większości powstań kozackich. Jednak sam rejestr powstał, by właśnie rozwiązać problem Zaporożców, a potem by trzymać tych niespokojnych ludzi w ryzach. Lecz coś musiało pójść nie tak.
Problem z ludzimi niżowymi
Początki instytucji rejestru kozackiego związane są uniwersałem króla Zygmunta Augusta, wydanym tuż przed zawarciem Unii Lubelskiej, w 1569 roku. Król w nim zapowiedział, że w miastach i zamkach królewskich Kozacy zostaną wzięci na służbę, za którą otrzymają zapłatę. Była to odpowiedź na nasilające się ataki Zaporożców na sąsiednie państwa. Sułtan turecki, chan krymski i hospodar mołdawski wzywali polskiego monarchę, by ukrócił swawolną działalność poddanych. Król zdecydował się zatem podporządkować tych niespokojnych ludzi dyscyplinie wojskowej.
Kozacy niekoniecznie jednak mogli być zainteresowani tą ofertą. Zaporożcy byli wojownikami południowo-wschodniego pograniczna, którzy albo dla własnych korzyści plądrowali sąsiednie kraje, albo wykonywali zlecenia magnatów bądź urzędników królewskich tego obszaru. Na Niżu, czyli obszarze dolnego Dniepru, gdzie Kozacy tworzyli swoje siedziby mogli z łatwością uniknąć wszelkiej odpowiedzialności.

Niemniej znalazła się grupa Niżowców, którą skusiła służba na królewski żołdzie. W 1572 roku hetman polny koronny Jerzy Jazłowiecki w ramach tworzenia „pocztu kozackiego” ustanowił „starszym” nad Kozakami szlachcica Jana Brodowskiego. Dowodził on i sprawował jurysdykcję nad 300 Zaporożcami i podlegał hetmanowi lub bezpośrednio królowi. Nie odpowiadał natomiast przed żadnym urzędnikiem królewskim.
Na służbie królewskiej
Sześć lat później zasady te nieco zmienił król Stefan Batory. Hetmanem kozackim, zwanym też porucznikiem Kozaków niżowych zaporoskich został Jan Oryszowski, który był podporządkowany staroście czerkaskiemu Michałowi Wiśniowieckiemu. To wtedy też powstał pierwszy znany nam rejestr, czyli spis Kozaków w służbie królewskiej. Liczył on 530 osób. Do dyspozycji Kozaków oddano miasteczko Trechtymirów nad Dnieprem. Musieli oni jednak tutaj założyć szpital dla rannych i wysłużonych Niżowców.
Stefan Batory przestrzegał Kozaków przed napadami na Krym i Wołoszczyznę. Udział w takiej wyprawie groził wyjęciem spod prawa, potraktowaniem jako wroga króla i Korony. Tę kwestię monarcha doprecyzował w styczniu 1580 roku. W wydanym uniwersale zalecał „hamować, łapać i karać” wszystkich, którzy napadali na ziemie sąsiedzkich państw. Nic to jednak nie dawało. Ukrywających się po wsiach Kozaków trudno było wyłapać, a i niejeden chłop wyprawiał się od czasu do czasu na rejzy. Ponadto wielu magnatów otaczało wynajmowanych przez siebie Niżowców dyskretną opieką.
Niemożność kontrolowania Zaporożców doprowadziła do wydania kolejnych konstytucji. W 1590 roku Sejm uchwalił „Porządek z stronny Niżowców i Ukrainy”. Konstytucja ta wymagała od Kozaków rejestrowych złożenia przysięgi na wierność królowi i Rzeczypospolitej. W rejestrze nie mógł się znaleźć dezerter ani osoba karana sądownie. Kozacy rejestrowi mieli podlegać hetmanowi koronnemu oraz wywodzącym się ze szlachty hetmanom i rotmistrzom kozackim. Starostom i specjalnie wyznaczonym dozorcom powierzono z kolei dopilnowanie, by nie dochodziło do chodzenia na Niż i przeprowadzenia wypraw na sąsiednie kraje. Na wsiach pomagali im w tym wójtowie i atamani. Pod karą śmierci nie mogli oni wypuszczać nikogo na Zaporoże ani też wpuszczać do wsi Kozaków bez glejtu wystawionego przez setnika.

W wydanym w tym samym roku liście przepowiednim Zygmunta III dla starosty śniatyńskiego Mikołaja Jazłowieckiego rejestr został podniesiony do tysiąca osób. Żołd miał wynosić 5 do 12 zł na kwartał, a na miejscem stacjonowania wyznaczono uroczysko Kamieńczuk, gdzie miała powstać drewniana forteca. Wszystko to ładnie wyglądało na papierze, jednak szybko pojawiły się zaległości w wypłacie żołdu, a na uroczysku opóźnienia w budowie zamku.
Mimo wszystko Kozacy rejestrowi mieli jednakże poważną przewagę nad swoimi kolegami z Niżu. Tamci byli pozbawieni wszelkich praw. Od swoich czy obcych groziła im śmierci. Kozak rejestrowy natomiast był rzeczywiście wolny. Podlegał jedynie swoim dowódcom i miał zapewnioną królewską ochronę. Mógł też posiadać ziemię oraz był zwolniony z podatków. Tym samym pod względem statusu społecznego Kozaka rejestrowego odróżniał od szlachcica jedynie brak praw politycznych. Podział między Kozaków rejestrowy i nierejestrowych miał być zarzewiem kolejnych buntów, ale też paradoksalnie pewną patologiczną formą kontroli Zaporożców.
Bunty
Wiadomym było, że rejestr nie obejmie wszystkich Kozaków, a słabość władzy wykonawczej i zaległości w wypłacie żołdu tylko utrwalały status quo. Zaporoże rosło w siłę, a władza nie mogąc go do końca zwalczyć musiała go tolerować. Zwłaszcza, że od czasu do czasu Kozacy bywali użyteczni, czy do wypraw na Moskwę, czy walkach przeciwko Imperium Osmańskim. Jednoczenie nie dotrzymywanie kolejnych obietnic dawnym Niżowcom i krwawe tłumienie powstań kozackich budowało poczucie zemsty. Pierwsze rebelie kozackie miały jednak podłoże prywatne. Hetman kozacki Krzysztof Kosiński zbuntował swoje oddziały, gdyż książę Janusz Ostrogski nie chciał mu oddać darowanej mu przez króla włości Rokitno. Nieopacznie wywołał powstanie, które rozlało się na całą Ukrainę. W rok po stłumieniu rebelii Kosińskiego, w 1594 roku dowódca kozaków księcia Konstantego Ostrogskiego Semen Nalewajko zaczął szukać sprawiedliwości za śmierć ojca na Marcinie Kalinowskim. Z miejsca do Kozaka przyłączyli się inni szukający zemsty na ruskich i polskich panach Zaporożcy i chłopi.
Po rozprawieniu się z Nalewajką nastąpił długi okres spokoju w sprawach kozackich, spowodowany głównie tym, że Kozacy byli cały czas na wojnach lub wyprawach, a pamięć o klęskach poprzednich powstań nie sprzyjała ideom kolejnego bunt, zwłaszcza, że było co robić. Problem pojawił się, gdy sytuacja się uspokoiła. Rejestr kozacki bowiem pęczniał, gdy była wojenna potrzeba, ale gdy ona ustawała, to wypisywani z rejestru Kozacy, tzw. wypiszczykowie, tracili wszystkie przywileje.
W 1625 roku wybuchł bunt Marka Żmajły. Stłumiono go jak dwa poprzednie, ale tym razem hetman Stanisław Koniecpolski postanowił zawrzeć z Kozakami ugodę, która miała rozwiązać problem z ludźmi niżowymi. Kozacy rejestrowi w liczbie 6 tysięcy mieli stać się wojskiem królewskim, mieszkającym w królewskich dobrach i broniącym granic. Chadzki na Morze Czarne miały zostać zakazane, a łodzie spalone. Miejsce nieprzekonanego do tego układu Żmajły zajął Michał Doroszenko, który zreorganizował wojsko Kozaków rejestrowych w sześć pułków (białocerkiewski, kaniowski, kijowski, korsuński, perejasławski, czerkaski).
To rozwiązanie nie spodobało się jednak tym, którzy znaleźli się poza rejestrem. W marcu 1630 roku Taras Federowicz poprowadził wypiszczyków do kolejnego powstania. Powstańcy zabili pojmanego podstępem w Czerkasach hetmana Kozaków rejestrowy Hryćko Czarnego, następnie ruszyli na Korsuń, który zdobyli i splądrowali, by w końcu przejść pod Perejasław, gdzie założono warowny tabor. Dysponujący skromnymi siłami hetman Koniecpolski nie zdołał go zdobyć, więc zdecydowano się na układy. Wypiszczycy ugrali podniesienie rejestru do 8 tys. Dla wielu było to jednak za mało, zwłaszcza, że Rzeczpospolita nadal dążyła do ściślejszej kontroli Zaporoża. W 1635 roku zapadła decyzja o budowie twierdzy Kudak, która miała uniemożliwiać przedostawanie się Kozaków na Sicz. To wywołało kolejny bunt. W 1635 roku wybuchło powstanie Iwana Sulimy, a dwa lata później Pawła Pawluka, po którym rejestr powtórnie ograniczono do 6 tys. Wypszczykowie powstali jeszcze pod wodzą Jakuba Ostrzanina w 1637 roku, ale i tym razem przegrali. Rejestr pozostał niezmieniony, a Kozacy rejestrowi mieli też kontrolować Sicz z zastrzeżoniem, że muszą być często rotowani „aby nie mieli czasu kusić ducha samowoli”. Nad Kozakami władzę sprawować miał też nominowany przez Sejm na wniosek hetmana wielkiego koronnego komisarz królewski.

Ostatnie dwa powstania kozackie udało się stłumić dzięki wykorzystaniu Kozaków rejestrowych. Do tego momentu unikano sytuacji, by bracia Kozacy stawali przeciw sobie z obawy, że rejestrowi mogą nie chcieć walczyć z pobratymcami. Ale tym razem wypiszczykowie kierowali swój gniew również przeciwko nim. I tak metodą dziel i rządź Rzeczypospolita mogła w pewnym stopniu rozładowywać problem kozacki. Do czasu. Po pierwszych sukcesach powstańców Chmielnickiego i rejestrowi przyłączyli się do niego. Jedność Kozaczyzny, w połączeniu z sojuszem z Tatarami i masą zbudowanego chłopstwa dała niewiarygodne rezultaty, które przyniosły niewetowane straty dla państwa polsko-litewskiego.
Koniec problemu
Po ugodzie zborowskiej zawartej 17 sierpnia 1649 roku rejestr rozszerzono aż do 40 tys. Po ugodzie w Białej Cerkwi w 1651 roku zmniejszył się do 20 tys., by po zawarciu unii hadziackiej ustalić go na 30 tys. Żadnego jednak z ustaleń nigdy nie wprowadzono w życie. Zawarty w styczniu 1667 roku rozejm andruszowski przewidywał przekształcenie Zaporoża w polsko-rosyjskie kondominium. Zaporożcy mogli odtąd służyć w wojnach przeciw Imperium Osmańskiemu zarówno pod królem Polski, jak i carem Rosji. W związku z tym w 1683 roku na odtworzenie pułków kozackich zdecydował się Jan III Sobieski. Walczyły one w wyprawach mołdawskich i innych ekspedycjach na Turczyna. Po zawarciu pokoju karłowickiego w 1699 roku rejestr został jednak ostatecznie zniesiony. Doprowadziło to do wywołania ostatniego powstania kozackiego. Rebelia Semena Palia skończyła się pacyfikacją zbuntowanych Zaporożców przy udziale kozackiego Hetmanatu podporządkowanego Moskwie.
Choć w XVIII wieku rejestr zniknął, a Zaporoże było już integralną częścią Rosji, to problem kozacki pozostał. Tym razem przybrał on formę hajdamackich band, rekrutujący się m.in. z Zaporożców i grasujących po prawobrzeżnej Ukrainie. Wielu Kozaków zaciągało się też na służbę do magnatów. Niektórzy z nich mogli zrobić dzięki temu niemałą karierę, co znów powodowało podziały w zaporoskiej wspólnocie. Nie trzeba było zatem rejestru, by dzielić i rządzić na Ukrainie. Oczywiście znów do czasu, bowiem w 1768 roku bunt hajdamacki wciągną również magnackich Kozaków. Problem rozwiązała w końcu caryca Katarzyna II likwidując Sicz Zaporoską, a Kozaków ściśle sobie podporządkowując. Nie trudno zauważyć, że już ponad sto lat wcześniej również Rzeczypospolita miała takie ambicje, jednak słabość aparatu administracyjnego i interesy poszczególnych magnatów spowodowały, że zamiast lekarstwa mieliśmy cały czas półśrodek – ograniczony rejestr kozacki przy ciągle istniejącej Siczy na niezagospodarowanych Dzikich Polach. To na dłuższą metę nie mogło zapewnić spokoju.